论文查重流程中的自定义设置选项包括但不限于：1.排除引用文献：用户可以选择是否将引用文献纳入查重范围；2.忽略引用标记：用户可以选择是否忽略文中的引用标记进行查重；3.设置查重比例：用户可以根据需要设置查重的敏感度，调整查重比例。

另外，论文查重工具还可能提供其他自定义设置选项，如设置查重茹许可范围、排除特定文本等。通过合理设置自定义选项，可以提高查重结果的准确性，确保论文的原创性和学术诚信。在使用论文查重工具时，建议用户根据具体需求灵活设置自定义选项，以获得更加满意的查重效果。