在论文查重流程中，常用的比对算法包括字符级比对算法、词语级比对算法和语义级比对算法。字符级比对算法是指通过比较文本中的字符顺序和数量来判断相似度，如编辑距离算法、哈希算法等。词语级比对算法则是以词语为单位进行比对，如余弦相似度算法、Jaccard相似度算法等。而语义级比对算法则是通过理解文本的语义信息来进行比对，如基于自然语言处理的算法、基于深度学习的算法等。

除了上述常见的比对算法，还有一些基于特征提取的比对算法，如基于特征向量的算法、基于模式匹配的算法等。这些算法通过提取文本的特征信息，如关键词、句法结构等，来进行比对和相似度判断。在实际的论文查重过程中，通常会结合多种比对算法，以提高检测的准确性和效率。选择合适的比对算法可以更好地帮助用户检测文本的相似度，防止抄袭和学术不端行为的发生。